События разворачиваются спустя некоторое время после финала сериала «Паразит: Серый». Мир узнал о существовании инопланетных организмов, захватывающих человеческие тела, но угроза не исчезла — она мутировала. Новая вспышка заражения происходит в крупном мегаполисе, где паразиты научились объединяться в коллективный разум, становясь практически неуязвимыми для спецотрядов.

В центре сюжета оказывается Синъити Идзуми (повзрослевший герой оригинальной истории), который прибывает в Корею, чтобы помочь группе «Серых» остановить глобальную катастрофу. Ему предстоит объединить усилия с Чон Су Ин, чей паразит Хайди стал ключом к пониманию новой формы жизни. Вместе они должны найти «нулевого пациента» новой волны, прежде чем паразиты захватят политическую верхушку страны. «Паразит 3» — это масштабное столкновение двух видов, где грань между человеком и монстром становится тоньше, чем когда-либо.